El interés de los reyes por la jardinería no era ajeno a su propio interés por el conocimiento de la botánica, sobre todo en la persona de Carlos III, a quien la botánica interesó desde niño, como nos muestra el cuadro de Ranc cuando le pinta clasificando plantas a corta edad. Pero son muy pocas las veces en que nuestros informadores dieciochescos se paran a hablar de las especies vegetales que allí se cultivan; sí que nos hablan de los árboles, al menos de los de mayor envergadura, y así sabemos que eran numerosos los olmos, álamos, fresnos, tilos y robles, que es a las especies que más se refieren por ser las que flanquean los caminos ajardinados. También los tilos, en prieto emparrado, se acercaban al Cenador y los sauces llorones y sicomoros se asomaban a los estanques.

Después sólo mencionan que, en los bosquecillos y huertas entre las avenidas, los árboles eran de pequeño porte, sin entrar en más. Entendemos que la mayoría de aquellos serían frutales porque se menciona la abundancia de albaricoques y otras frutas muy preciadas por su bondad. Y probablemente no estaría ausente el almendro, que se plantaba en los cercados desde época de Felipe II, aunque no hay mención de que existieran en gran abundancia, como ocurre en cambio con otros ejemplares.

Sabemos que se cultivaban naranjas y limones, más por su belleza que por el fruto en sí, y luego que, al otro lado del puente de cinco ojos, frente al Terrao, que era una pradera de planta casi circular, se veía un cercado de árboles frutales. También junto a la misma pradera fresca del Terrao se habían plantado naranjos entremezclados con flores exóticas, cuya belleza, decía Baretti, era inenarrable.

De las flores nos hablan menos aún. Los diversos parterres estaban ordenados por medio de setos de mirto que adoptaban figuras diversas, como flores de lis, aludiendo a la dinastía borbónica. Sabemos que el parterre que da acceso al palacio estaba dividido en varias zonas por medio de setos de boj y mirto que encerraban «una inmensa variedad de las más hermosas flores americanas y europeas», según Joseph Baretti. También a él le debemos la noticia de que, en torno a la Fuente de la Espina o de las Arpías, había cuatro cercados de frutales con naranjos y limoneros, y que no lejos observó un Lyron al que describe como «un enorme árbol indio... Su tronco parece estar compuesto por media docena de tallos y no creo que su circunferencia sea menor que cuatro brazas».

Talbot Dillon, en 1779, nos habla de la abundancia del que él llama Árbol de Judas y que en España se llama Árbol del Amor, haciéndonos notar la belleza que confiere esta planta al Sitio de Aranjuez en los inicios de la primavera, cuando la copa del árbol se convierte en una flor gigantesca, sin una sola hoja verde. Y Towsend, en 1786, después de hablarnos de la bondad de las viñas de los cortijos del rey, y de la abundancia de olivos (especies ambas que Carlos III mandó plantar en las colinas para borrar el aspecto de aridez que el paisaje tenía fuera de sus límites) menciona la existencia por doquier del tamarindo, que crecía en la arena, a las orillas del río.

Un curioso impertinente - como llama Ian Robertson en su libro a estos viajeros ingleses-, tan curioso y tan impertinente como Joseph Baretti que, a pesar de su puesto como secretario de asuntos extranjeros de la Academia de Arquitectura, Escultura y Pintura de Londres, presta atención a cuanto a sus ojos extraña, es una bendición para nuestro deseo de evocar un pasado tan frágil como el de un jardín. Así, su relato sobre las setas es muy singular. Dice que encontró la casa del jardinero. «Un edificio precioso, con una agradable pradera enfrente, oscurecida por los más altos y frondosos árboles que he visto en mi vida. Un arroyuelo que corre por un lado del prado produce miles de setas que, según dicen, son muy buenas cuando brotan, aunque endurecen si no se recogen pronto. El jardinero no quiso decirme cómo consigue obtener en ese arroyo unas setas tan sorprendentes. Están unas junto a otras como un banco de ostras. Sospecho que el final de la zanja ha sido construido artificialmente con esas piedras que en Nápoles llaman Piedras de seta y que producen setas cuando se riegan y les da el sol. »

Henry Swinburne menciona el llamado Jardín de la Primavera, es decir, un espacio ajardinado, a uno de los lados de la calle de la Reina en el que se había puesto especial atención en que los ejemplares fueran todos de temprana floración. Lo califica como de un magnífico gusto y especialmente agradable a los ojos, pero fugaz porque antes de que la Corte abandone el lugar ya está agostado. En época de Carlos III ocupaba mil pasos y Carlos IV lo amplió hasta el Tajo siguiendo la avenida arbolada.

Bourgoing también menciona cómo, en los lugares faltos de cuidado, los rosales se han asilvestrado en las orillas del Tajo y cuelgan sobre la corriente. Muchos rosales se plantaron también en el jardín del Príncipe, y se reservaron cuadros completos para el cultivo de claveles. En cuanto a los árboles se prefirieron los plátanos, chopos de Lombardía y acacias en los paseos; y naranjos y limoneros para el jardincillo dedicado sólo a frutas exquisitas.