La fachada norte del Palacio está separada del Jardín de la Isla por una ría enlosada, que se ensancha en abanico formando la Cascada llamada de las Castañuelas, obra de Bonavía. La ría se puede atravesar por dos puentes - uno, con escalones, data de 1733 - el otro surgió en principio como simple boca de las compuertas que dan entrada al agua del Tajo, pero luego se habilitó encima una rampa para que entrase en el Jardín la carriola de la Reina, tal y como aparece en los cuadros de Battaglioli que muestran las fiestas de Farinelli. Para acceder a la isla es más evocador bajar por el puente escalonado, que se une al bello conjunto barroco de la fuente de Hércules, con sus estanques y pasarelas del siglo XVII.

     El Jardín de la isla adquirió su estructura definitiva en 1 560, merced a Felipe II y Juan Bautista de Toledo. La iniciativa de convertir el vergel de la isla en un jardín italoflamenco arranca de la idea de Carlos V de elegir Aranjuez "para en él fundar una casa de campo para su recreo", según una Real Cédula de 30 de abril de 1544, ampliando otra ocho años anterior. Pero fue su hijo quien durante su etapa de gobierno, siendo Príncipe, emprendió las obras de ordenación en agricultura, riegos y calles. Contó para ello con Gaspar de Vega y Alonso de Covarrubias, que en 1550 estableció la forma en que habían de ser dispuestas las calles y cruceros de los Jardines y las puertas de mármol de la huerta.

     Para la Isla la fase verdaderamente decisiva comienza en 1560 con la llegada del arquitecto Juan Bautista de Toledo. En enero de 1561 el Rey dio la orden de trazar el Jardín. Poco después llegarían algunas especies de Flandes y Francia, y frutales de Andalucía y Valencia. Entre los numerosos jardineros no españoles que trabajaron entonces destacan el flamenco Juan Hoivecq y el italiano Jerónimo de Algora, que había hecho con Toledo el parque de Castel Nuovo en Nápoles.
 
     Aunque Hoivecq quería que el Jardín estuviese dividido en cuadros, Juan Bautista de Toledo lo organizó a base de rectángulos a lo largo del eje central, "porque siendo el jardín tan largo y poco ancho son más proporcionados los cuadros como están trazados que no cuadrados". Durante 1561 debió llevarse a cabo el allanamiento y preparación del terreno y a mediados de año se empezaron las paredes de cerramiento, que nunca fueron tapias altas, sino "diques" o muros de contención sobre el cauce. Así, el Jardín quedaba a salvo de las crecidas del agua que lo rodea, lo cual es su característica más destacada y que le da nombre. En enero de 1562 ya se habían acabado de allanar las calles del Jardín, y durante 1563 las obras avanzaron con fuerza, a la vez que se hacía el "Mar de Ontígola" que alimentaría las fuentes. Al año siguiente todo estaba ya plantado, se solaban de ladrillo las plazuelas del Jardín y se traían de Italia los mármoles labrados para las fuentes, cuya disposición ha de deberse a Toledo, aunque no se empezaran a colocar sino después de su muerte.

     El trazado del Jardín de la Isla se basa en un fuerte eje central rodeado por compartimentos rectangulares que se dividen a su vez en cuadrados; los cruces de los ejes transversales más importantes con el eje central están marcados por plazoletas con fuentes, dispuestas así en una línea recta que, simplificando la distribución del agua, forma una perspectiva efectista. Esta calle central estaba cubierta en los siglos XVI y XVII por túneles formados con moreras y enrejados de madera llamados galerías o "folías". De esta manera se establecía un contraste entre los umbrosos espacios de las calles cerradas con bóveda verde y los ámbitos de las plazuelas inundadas de sol, sólo tamizado por los árboles, donde reinaban los dioses de la mitología. Pequeños surtidores de agua o burladeros, dispuestos en el suelo a lo largo del camino, empapaban por sorpresa al paseante, que no podía escapar de la calle cerrada.

    En la Isla se reunían, por tanto, la intimidad del jardín islámico con sus fuentes bajas, la ordenación geométrico y proporcional, los juegos de agua, los espacios cerrados y las alusiones mitológicas del jardín manierista italiano, y los parterres bajos de flores a la manera flamenca, especialmente de rosas, a las que era muy aficionado Felipe II y que aquí se cultivaban para destilar aguas de olor. En 1568 se trajeron árboles de Flandes, cuando la Isla debía estar acabada en todo el esplendor de su originalidad, según el parecer de la reina Isabel de Vaiois: ... ce lieu, qui est le plus beau qu'il est possible..., frase complementaria, si se puede decir así, de la que pone en sus labios Schiller en el Don Carlos: "los bellos días de Aranjuez han pasado". La forma "clásica" del Jardín de la Isla está reflejada en las numerosas estampas de finales del siglo XVII, sobre todo las de Meunier. Dificultan la comprensión actual del Jardín "filipino" las transformaciones que en el siglo XVIII experimentó la Isla de acuerdo con los principios de la jardinería francesa: las galerías o emparrados de madera se deshicieron, de modo que el eje central quedó como una simple calle de árboles, y a sus lados los cuadros de boj recibieron trazados de bordado que, con más o menos modificaciones, han llegado hasta nosotros. Los grandes bancos de piedra o "canapés", muy bellos pero que tanto alteran las proporciones originales de las plazuelas, son obra de Sabatini durante el reinado de Carlos III.

     La ordenación de las fuentes data de 1582, pero su número y riqueza experimentaron aportes sustanciales durante los reinados del hijo y del nieto de Felipe II. Especialmente importante es la colocación de nuevas fuentes que, según Llaguno, efectuó en 1660 el maestro mayor de las obras reales Sebastián de Herrera Barnuevo.

     Para pasear por la Isla, al menos por primera vez, conviene seguir la avenida central y luego volver por la terraza sobre la ría- el plano en el interior de la solapa permite ir identificando las fuentes.

     La Fuente de Hércules fue colocada por Herrera Barnuevo en 1661, al parecer en el mismo lugar donde antes hubo otra dedicada a Diana. Una reparación concienzuda en 1730 no alteró su forma original. La de Apolo se supone obra napolitana; quizá fue remitida por el virrey Conde de Monterrey, pero no hay datos sobre su envío. Son muy bellos los relieves de su pilón, del XVII la escultura suele atribuirse al escultor Miguel Ángel Naccherino, napolitano de principios del XVII.

     La de las Horas, antes llamada del Anillo, se supone la más antigua por su disposición hispanoárabe a flor de tierra; los números romanos de su borde han sido trastocados más de una vez, y en su origen respondían al juego del Anneau-tournant, no a un reloj solar. En la Plaza de las Arpías, los nichones de las esquinas fueron construidos en madera en 1594 como complemento de las "folías" y, reparados continuamente, llegaron hasta 1782, en que se rehicieron según diseño de Sabatini con bancos de piedra de Colmenar, columnas de mármol -labradas para el salón grande de la Casa de Legamarejo y aprovechadas aquí- y remate en forma de cuarto de esfera con frontón y amorcillos, en plomo, según se ve en un dibujo de A. López Aguado y en el cuadro de Brambilla; uno de estos remates se arruinó en 1867, y en lugar de rehacerlo se decidió eliminar los otros tres. La Fuente de las Arpías fue construida en 1615-1617 por los toledanos Juan Fernández y Pedro de Garay; en el centro de la misma se encuentra la escultura del Niño de la Espina, reproducción según el vaciado del espinario clásico que trajo Velázquez de Italia. No se colocó verosímilmente hasta 1660 o 1669 - cuando consta una reparación de la Fuente -, pero ya la vio en su disposición actual Madame d'Aulnoy en 1679.

     La de Venus se llama también desde el siglo XVI "de don Juan de Austria" porque legendariamente la piedra de la taza alta se cree que procede del Golfo de Lepanto. La Fuente fue remitida desde Florencia en      1 571 por don García de Toledo. Su estilo la aproxima al del escultor manierista florentino Juan de Bolonia, quien realizó para villa Petraia otra con el mismo tema de Venus enjugándose los cabellos, de los que brota el agua, al salir del baño. En la Fuente de Aranjuez se han perdido "cuatro muchachos de mármol blanco, con unas aves en la mano", que estaban en el borde del pilón inferior, como se ve en los grabados seicentistas.

     En la de Baco no es lo más notable la escultura de Jonghellinck que le da nombre, sino su pie en mármol toscano de Serravezza, obra (1 566-1 570) de Juan' 'de Bolonia, cuyo dibujo original se conserva en los Uffizi. Esta Fuente llegó a España en 1602 como regalo del Gran Duque de Toscana al Duque de Lerma, pasó luego a Felipe III, que la hizo colocar en la huerta de la ribera de Valladolid; en 1623 Felipe IV regaló a Carlos I de Inglaterra el grupo escultórico de Giambologna que primitivamente la coronaba, Sansón y el filisteo, hoy en el Victoria and Albert Museum de Londres, y en 1661 el mismo Rey ordenó colocar aquí la base florentina, coronándola con la escultura flamenca, compañera de otras que están en el Salón de Columnas del Palacio Real de Madrid.

     Para el Palacio antiguo de Madrid fueron concebidas originalmente las esculturas de bronce que decoran la Fuente de Neptuno. Diego Velázquez, durante su segundo viaje a Roma, las encargó en persona al escultor Alessandro Algardi como morillos de chimenea para el salón ochavado del Alcázar, pero finalmente fueron destinadas al Jardín de Aranjuez en 1661. Los grupos eran cuatro, y representaban los elementos personificados en Juno, Júpiter, Neptuno y Cibeles, y de cada uno se hicieron dos ejemplares. En la Fuente se colocaron siete, dejando uno de Júpiter en el Buen Retiro. En el siglo XIX se eliminó uno de los grupos bajos con su pedestal, y después de la guerra civil desaparecieron de la Fuente el otro grupo de Júpiter y uno de Juno. En 1 751 Bonavía propuso una reforma de la Fuente, que sólo se llevó a cabo en parte. Actualmente se encuentra en restauración.

     El agua de todas estas fuentes procedía del depósito o "Mar de Ontígola", desde donde era traída por medio de una cañería de plomo, sustituida por otra de hierro en época de Felipe V. El curioso obelisco de ladrillo que ésta hacía en el segundo tercio del Jardín, del lado de la ría, es uno de los "resrpiraderos" de la cañería de plomo, otro, visible en uno de los cuadros de Houasse, estaba en la actual Plaza de San Antonio, y fue demolido por Bonavía al urbanizar ese espacio. Para el Jardín también del Tajo se extraía agua, filtrada en la "machina de agua clara" que fue demolida por Bachelieu para dejar sitio al Parterre.

     Además de las fuentes citadas existieron en el Jardín de la Isla otras mencionadas por los viajeros de los siglos XVII y XVIII y que luego desaparecieron, como la de Ganímedes o la de Diana, o se trasladaron a otros Reales Sitios, como la de los Tritones, que desde 1846 se encuentra en el Parque del Palacio Real de Madrid.

     Esta Fuente parece obra italiana de finales del siglo XVI, pero no se tienen datos sobre su llegada y la primera noticia es la orden de Felipe IV en 1656 para que se colocase donde entonces terminaba la isla, en una plazoleta cerrada con una pared, al otro lado de la cual una calle unía los dos puentes que, salvando uno la ría y el otro el Tajo, comunicaban la calle de Madrid con las huertas de Picotajo. Río abajo la Isla acababa en una lengua de tierra que los sedimentos del Tajo iban haciendo cada vez mayor. En 1729 Felipe V decidió formar allí un parterre sobre fuertes muros de contención, a modo de mirador sobre el Tajo, derribando la pared que limitaba la isla y dejando el paso a Picotajo dentro del Jardín. Este apéndice del ya secular Jardín se llamó La Isleta, y se construyó, según proyecto de Esteban Marchand, entre 1731 y 1737 por Leandro Bachelieu, con siete estanques, en uno de los cuales volvió a montarse la Fuente de los Tritones- los murallones fueron reedificados luego por Bonavía, autor también de los nuevos puentes sobre la ría y el Tajo, que en 1748 se construyeron para uso reservado de los Reyes, mientras que las portadas se hicieron en 1750 más lujosas de lo pensado en un principio "atendiendo al frecuente uso que hace de ellos la Reina", según la traza de Ventura Rodríguez. Hoy existe solamente la que da sobre el puente de piedra de la ría, terminada en 1751; la otra fue realizada cuatro años después y desmontada en 1869, con el propósito de instalarla en la Plaza de las Parejas, lo que nunca tuvo efecto. El puente de la isleta a Picotajo, que era de madera, fue reedificado dos veces y desapareció definitivamente por las avenidas del río en el siglo XIX.

     Si volvemos hacia el Palacio por la terraza sobre la ría, cuya barandilla sustituyó en 1845 a los pretiles, encontramos el puente de enmedio, sencilla obra de Marquet bajo Carlos III, y casi al final los escalones y pedestales de piedra del cenador chinesco, cuya estructura de madera se vino abajo en el siglo XIX. Había sido construido por Santiago Bonavía en 1755-1757 sobre el muro de la ría, de tal modo que desde él se pudiera dominar la plaza delantera del Palacio.

     El siglo XVIII aporta un nuevo elemento al Jardín, en el cual los viajeros de fines de aquella centuria vieron el mayor encanto de la isla: el abandono. En efecto, la libertad con que venían dejándose crecer los árboles daba la impresión de que se trataba de un jardín "natural", olvidando el carácter de la ordenación renacentista cuyos elementos -fuentes, pabellones, galerías de verdura- iban decayendo o desapareciendo. Con las restauraciones iniciadas hace unos diez años se ha comenzado a recuperar parte del esplendor original de la Isla.